ابلاغ برنامه اصلاح ساختار وزارت اقتصاد با هدف چابک‌سازی و کاهش موازی‌کاری وارد فاز اجرا شده، اما ادغام دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد در این وزارتخانه به یکی از جنجالی‌ترین بخش‌های آن تبدیل شده است. موافقان از انسجام تصمیم‌گیری می‌گویند و مخالفان از تضعیف استقلال مناطق آزاد.
هم‌زمان با تغییرات مدیریتی، ورود دیوان عدالت اداری و صدور دستور موقت، اجرای این بخش را متوقف کرده است. حالا سرنوشت این طرح به رأی نهایی دیوان و تقابل میان تمرکزگرایی و حفظ استقلال نهادی گره خورده است.